El Archivo fotográfico de la Comisión Arte Sacro se formó espontáneamente entre 1969 y 1982 a partir de las fotografías en blanco y negro que algunos de sus integrantes fueron tomando del estado de las templos, capillas, ermitas, humilladeros, etc.,  de todo el territorio diocesano, así como de su patrimonio mueble e inmueble

Este exiguo archivo de 28 documentos producidos entre 1249 y 1779, formó parte del primitivo archivo que fue generando a lo largo de los siglos la comunidad de monjes benedictinos que habitaron el monasterio de Santo Toribio, formado por más de 700 documentos y que, a raíz de la desamortización de Mendizábal y la exclaustración de los monjes en 1835, se conserva en el Archivo Histórico Nacional, Sección Clero.

El fondo documental del Convento de la Purísima Concepción de La Canal de Villafufre está formado por 40 unidades documentales producidas entre los años 1660 y 1948, en soporte pergamino y vitela. Los documentos ingresaron en el Archivo diocesano doblados y plegados dentro de una bolsa de piel de medidas reducidas, 20 x 10 cm, tal y como en su día los recibieron y custodiaron las monjas de la comunidad concepcionista, de la orden de San Francisco, que residieron en él desde su fundación.

El Archivo Personal de Marcial Solana está formado por 78 unidades documentales repartidos en 7 cajas. La documentación fue depositada en el Archivo entre 2010 y 2013 después de ser localizada por el bibliotecario y un investigador entre el fondo bibliográfico que el intelectual dejó al Obispado de Santander y se conserva en la Biblioteca Diocesana del Seminario de Monte Corbán.

El fondo sacramental del Hospital de San Rafael y Casa de Expósitos está formado por 9 libros de bautismo de niños nacidos en el desaparecido Hospital o recogidos en la Inclusa provincial o Casa de Expósitos de Santander entre los años 1892 hasta su cierre en 1928, tras el comienzo de la actividad en la Casa de Salud Valdecilla, instalación que en la actualidad recibe el nombre de Hospital Universitario Marqués de Valdecilla.

La Colección Hojas de Cantoral es una colección facticia, creada en el Archivo Diocesano, para agrupar el conjunto de fragmentos litúrgicos musicales u hojas de cantoral, fechadas entre los siglos XIII y XVI, que se han localizado, reutilizadas, como cubiertas y encuadernaciones de documentos eclesiásticos y civiles producidos con posterioridad. La mayoría de estas Hojas son fragmentos de antiguos códices musicales, creados para ser leídos o cantados por varias personas a la vez, probablemente, pertenecientes a comunidades monásticas, en celebraciones litúrgicas, bien del Oficio de la Misa u oficios de horas.